EDNA Plugin: EDPluginExecDIMPLEPDBDUMPv10

Name:EDPluginExecDIMPLEPDBDUMPv10
Project:dimplev0
Path:dimplev0/plugins/EDPluginExecDIMPLEPDBDUMP-v1.0/plugins/EDPluginExecDIMPLEPDBDUMPv10.py
Author:Graeme WinterRonan Keegan
Date:
Copyright:2010 Diamond Light Source, CCP4
License:LGPLv3+
Module doc:
Class doc:An EDNA plugin to dump some metadata from a PDB file to allow
comparison with metadata in an MTX file. In particular, returns
information about the unit cell, space group and amino acid sequence.
Datamodels: CCP4DataInputPDBDUMP
targetNamespace "http://www.edna-site.org"

import XSDataCommon.XSData
import XSDataCommon.XSDataFloat
import XSDataCommon.XSDataInput
import XSDataCommon.XSDataInteger
import XSDataCommon.XSDataResult
import XSDataCommon.XSDataString
import XSDataCommon.XSParamList

complex type CCP4DataInputBUCCANEER extends XSDataInput {
    XYZINREF : XYZ
    HKLINREF : HKL
    HKLIN : HKL
    XYZIN : XYZ
    sequence : CCP4Sequence
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputCAD extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL []
    columnLabels : XSDataListOfStrings []
    HKLOUT : HKL
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputCheckValidHKL extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputCheckValidXYZ extends XSDataInput {
    XYZIN : XYZ
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputControlCopySpaceGroupPDBtoMTZ extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    HKLOUT : HKL
    XYZIN : XYZ
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputControlCopyUnitCellMTZtoPDB extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    XYZIN : XYZ
    XYZOUT : XYZ
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputControlDIMPLES extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    HKLOUT : HKL
    XYZIN : XYZ []
    XYZOUT : XYZ
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputControlPipelineCalcDiffMap extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    HKLOUT : HKL
    XYZIN : XYZ
    XYZOUT : XYZ
    ColLabels : CCP4MTZColLabels
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputControlPrepareMTZFileForRefinement extends XSDataInput {
    XYZIN : XYZ
    HKLIN : HKL
    HKLOUT : HKL
    ColLabels : CCP4MTZColLabels
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputControlRefmacRigidBodyPhaser extends XSDataInput {
    XYZIN : XYZ
    HKLIN : HKL
    XYZOUT : XYZ
    ColLabels : CCP4MTZColLabels
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputFREERFLAG extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    HKLOUT : HKL
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputMRBUMP extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    sequence : CCP4Sequence
    prepdir : XSDataString
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputMTZDUMP extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputPDBDUMP extends XSDataInput {
    XYZIN : XYZ
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputPDBList extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    XYZIN : XYZ []
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputPDBSET extends XSDataInput {
    XYZIN : XYZ
    XYZOUT : XYZ
    unitCell : CCP4UnitCell
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputPhaser extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    XYZIN : XYZ
    HKLOUT : HKL
    XYZOUT : XYZ
    ColLabels : CCP4MTZColLabels
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputPointlessOrigin extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    XYZIN : XYZ
    outputLogFile : CCP4LogFile
    HKLOUT : HKL
}

complex type CCP4DataInputREFMACRestrainedRefinement extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    XYZIN : XYZ
    HKLOUT : HKL
    XYZOUT : XYZ
    ColLabels : CCP4MTZColLabels
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputREFMACRigidBody extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    XYZIN : XYZ
    XYZOUT : XYZ
    ColLabels : CCP4MTZColLabels
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputREINDEX extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    HKLOUT : HKL
    spaceGroup : CCP4SpaceGroup
    reindexingOperation : CCP4SymmetryOperation
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputRefmacMonomerCheck extends XSDataInput {
    XYZIN : XYZ
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputTRUNCATE extends XSDataInput {
    HKLIN : HKL
    HKLOUT : HKL
    sequence : CCP4Sequence
    ColLabels : CCP4MTZColLabels
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataInputUNIQUE extends XSDataInput {
    HKLOUT : HKL
    spaceGroup : CCP4SpaceGroup
    unitCell : CCP4UnitCell
    resolutionLimit : CCP4ResolutionLimit
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultBUCCANEER extends XSDataResult {
    XYZOUT : XYZ
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultCAD extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultCheckValidHKL extends XSDataResult {
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultCheckValidXYZ extends XSDataResult {
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultControlCopySpaceGroupPDBtoMTZ extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultControlCopyUnitCellMTZtoPDB extends XSDataResult {
    XYZOUT : XYZ
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultControlDIMPLES extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    XYZOUT : XYZ
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultControlPipelineCalcDiffMap extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    XYZOUT : XYZ
    initialR : XSDataFloat
    initialRFree : XSDataFloat
    finalR : XSDataFloat
    finalRFree : XSDataFloat
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultControlPrepareMTZFileForRefinement extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    ColLabels : CCP4MTZColLabels
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultControlRefmacRigidBodyPhaser extends XSDataResult {
    XYZOUT : XYZ
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultFREERFLAG extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultMRBUMP extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    XYZOUT : XYZ
    outpuLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultMTZDUMP extends XSDataResult {
    spaceGroup : CCP4SpaceGroup
    unitCell : CCP4UnitCell
    upperResolutionLimit : CCP4ResolutionLimit
    lowerResolutionLimit : CCP4ResolutionLimit
    listOfColumns : XSParamList []
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultPDBDUMP extends XSDataResult {
    spaceGroup : CCP4SpaceGroup
    unitCell : CCP4UnitCell
    sequence : CCP4Sequence
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultPDBList extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    XYZOUT : XYZ
    spaceGroup : CCP4SpaceGroup
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultPDBSET extends XSDataResult {
    XYZOUT : XYZ
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultPhaser extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    XYZOUT : XYZ
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultPointlessOrigin extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    outputLogFile : CCP4LogFile
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
}

complex type CCP4DataResultREFMACRestrainedRefinement extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    XYZOUT : XYZ
    initialR : XSDataFloat
    initialRFree : XSDataFloat
    finalR : XSDataFloat
    finalRFree : XSDataFloat
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultREFMACRigidBody extends XSDataResult {
    XYZOUT : XYZ
    initialR : XSDataFloat
    initialRFree : XSDataFloat
    finalR : XSDataFloat
    finalRFree : XSDataFloat
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultREINDEX extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultRefmacMonomerCheck extends XSDataResult {
    fileStatus : XSDataString
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultTRUNCATE extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    ColLabels : CCP4MTZColLabels
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4DataResultUNIQUE extends XSDataResult {
    HKLOUT : HKL
    returnStatus : CCP4ReturnStatus
    outputLogFile : CCP4LogFile
}

complex type CCP4LogFile extends XSData {
    path : XSDataString
}

complex type CCP4MTZColLabels extends XSData {
    F : XSDataString
    SIGF : XSDataString
    IMEAN : XSDataString
    SIGIMEAN : XSDataString
}

complex type CCP4RTMatrix extends XSData {
    e11 : XSDataFloat
    e12 : XSDataFloat
    e13 : XSDataFloat
    e21 : XSDataFloat
    e22 : XSDataFloat
    e23 : XSDataFloat
    e31 : XSDataFloat
    e32 : XSDataFloat
    e33 : XSDataFloat
    e41 : XSDataFloat
    e42 : XSDataFloat
    e43 : XSDataFloat
}

complex type CCP4ReindexingOperation extends XSData {
    ReindexingOperation : XSDataString
    ReindexingMatrix : CCP4RTMatrix
}

complex type CCP4ResolutionLimit extends XSData {
    resolution : XSDataFloat
}

complex type CCP4ReturnStatus extends XSData {
    code : XSDataInteger
    message : XSDataString
}

complex type CCP4Sequence extends XSData {
    oneLetterCode : XSDataString
    numberOfResidues : XSDataInteger
    molecularMass : XSDataFloat
}

complex type CCP4SpaceGroup extends XSData {
    name : XSDataString
    number : XSDataInteger
    symmetryOperations : CCP4SymmetryOperation []
}

complex type CCP4SymmetryOperation extends XSData {
    symmetryOperation : XSDataString
    symmetryMatrix : CCP4RTMatrix
}

complex type CCP4UnitCell extends XSData {
    a : XSDataFloat
    b : XSDataFloat
    c : XSDataFloat
    alpha : XSDataFloat
    beta : XSDataFloat
    gamma : XSDataFloat
}

complex type HKL extends XSData {
    path : XSDataString
}

complex type XSDataListOfFloats extends XSData {
    values : XSDataFloat [] optional
}

complex type XSDataListOfIntegers extends XSData {
    values : XSDataInteger [] optional
}

complex type XSDataListOfLists extends XSData {
}

complex type XSDataListOfStrings extends XSData {
    values : XSDataString [] optional
}

complex type XYZ extends XSData {
    path : XSDataString
}