EDNA Plugin: EDPluginISPyBUpdateDataCollectionGroupWorkflowIdv1_4

Name:EDPluginISPyBUpdateDataCollectionGroupWorkflowIdv1_4
Project:mxPluginExec
Path:mxPluginExec/plugins/EDPluginGroupISPyB-v1.4/plugins/EDPluginISPyBUpdateDataCollectionGroupWorkflowIdv1_4.py
Author:Olof Svensson
Date:20130322
Copyright:European Synchrotron Radiation Facility, Grenoble, France
License:LGPLv3+
Module doc:
Class doc:Plugin to store workflow id status in a data collection group given an image path
Datamodels: XSDataInputISPyBUpdateDataCollectionGroupWorkflowId
targetNamespace "http://www.edna-site.org"

import XSDataCommon.XSDataDouble
import XSDataCommon.XSDataInteger
import XSDataCommon.XSDataImage
import XSDataCommon.XSData
import XSDataCommon.XSDataBoolean
import XSDataCommon.XSDataString
import XSDataCommon.XSDataLength
import XSDataCommon.XSDataAngle
import XSDataCommon.XSDataTime
import XSDataCommon.XSDataInput
import XSDataCommon.XSDataResult
import XSDataCommon.XSDataFile

complex type XSDataISPyBImageQualityIndicators extends XSData {
    binPopCutOffMethod2Res : XSDataDouble
    goodBraggCandidates : XSDataInteger
    iceRings : XSDataInteger
    image : XSDataImage
    inResTotal : XSDataInteger
    inResolutionOvrlSpots : XSDataInteger
    maxUnitCell : XSDataDouble optional
    method1Res : XSDataDouble
    method2Res : XSDataDouble optional
    pctSaturationTop50Peaks : XSDataDouble optional
    saturationRangeAverage : XSDataDouble optional
    saturationRangeMax : XSDataDouble optional
    saturationRangeMin : XSDataDouble optional
    signalRangeAverage : XSDataDouble optional
    signalRangeMax : XSDataDouble optional
    signalRangeMin : XSDataDouble optional
    spotTotal : XSDataInteger
    totalIntegratedSignal : XSDataDouble optional
    background3D_score : XSDataDouble optional
}


complex type XSDataInputStoreImageQualityIndicators extends XSDataInput {
    imageQualityIndicators : XSDataISPyBImageQualityIndicators
}

complex type XSDataResultStoreImageQualityIndicators extends XSDataResult {
    imageQualityIndicatorsId : XSDataInteger
}

complex type XSDataInputStoreListOfImageQualityIndicators extends XSDataInput {
    imageQualityIndicators : XSDataISPyBImageQualityIndicators []
}

complex type XSDataResultStoreListOfImageQualityIndicators extends XSDataResult {
    imageQualityIndicatorsId : XSDataInteger []
}

complex type XSDataInputStoreAutoProc extends XSDataInput {
    AutoProcContainer : AutoProcContainer
} 

complex type XSDataResultStoreAutoProc extends XSDataResult {
    autoProcId : XSDataInteger optional
    autoProcScalingId : XSDataInteger optional
} 


complex type AutoProc {
    autoProcId : integer optional
    spaceGroup : string
    refinedCell_a : float
    refinedCell_b : float
    refinedCell_c : float
    refinedCell_alpha : float
    refinedCell_beta : float
    refinedCell_gamma : float
}

complex type AutoProcScalingContainer {
    AutoProcScaling : AutoProcScaling
    AutoProcScalingStatistics : AutoProcScalingStatistics []
    AutoProcIntegrationContainer : AutoProcIntegrationContainer
}

complex type AutoProcScaling {
    autoProcScalingId : integer optional
    recordTimeStamp : string
}

complex type AutoProcScalingStatistics {
    autoProcScalingStatisticsId : integer optional
    scalingStatisticsType : string
    comments : string
    resolutionLimitLow : float
    resolutionLimitHigh : float
    rMerge : float
    rmeasWithinIplusIminus : float
    rmeasAllIplusIminus : float
    rpimWithinIplusIminus : float
    rpimAllIplusIminus : float
    fractionalPartialBias : float
    nTotalObservations : integer
    ntotalUniqueObservations : integer
    meanIOverSigI : float
    completeness : float
    multiplicity : float
    anomalousCompleteness : float
    anomalousMultiplicity : float
    recordTimeStamp : string
    anomalous : boolean
    ccHalf : float
}

complex type Image {
    dataCollectionId : integer
}

complex type AutoProcIntegration {
    autoProcIntegrationId : integer optional
    startImageNumber : integer
    endImageNumber : integer
    refinedDetectorDistance : float
    refinedXbeam : float
    refinedYbeam : float
    rotationAxisX : float
    rotationAxisY : float
    rotationAxisZ : float
    beamVectorX : float
    beamVectorY : float
    beamVectorZ : float
    cell_a : float
    cell_b : float
    cell_c : float
    cell_alpha : float
    cell_beta : float
    cell_gamma : float
    anomalous : boolean
}

complex type AutoProcIntegrationContainer {
    Image : Image
    AutoProcIntegration : AutoProcIntegration
}

complex type AutoProcProgram {
    autoProcProgramId : integer optional
    processingCommandLine : string
    processingPrograms : string
    processingStatus : boolean
    processingMessage : string
    processingStartTime : string
    processingEndTime : string
    processingEnvironment : string
}

complex type AutoProcProgramAttachment {
    autoProcProgramAttachmentId : integer optional
    fileType : string
    fileName : string
    filePath : string
    recordTimeStamp : string
}

complex type AutoProcProgramContainer {
    AutoProcProgram : AutoProcProgram
    AutoProcProgramAttachment : AutoProcProgramAttachment []
}

complex type AutoProcContainer {
    AutoProc : AutoProc
    AutoProcScalingContainer : AutoProcScalingContainer
    AutoProcProgramContainer : AutoProcProgramContainer
}


complex type XSDataInputStoreAutoProcStatus extends XSDataInput {
    dataCollectionId : integer optional
    autoProcIntegrationId : integer optional
    autoProcStatusId : integer optional
    AutoProcStatus : AutoProcStatus
} 

complex type XSDataResultStoreAutoProcStatus extends XSDataResult {
    autoProcIntegrationId : integer
    autoProcStatusId : integer
} 

complex type AutoProcStatus {
    autoProcStatusId : integer optional
    autoProcIntegrationId : integer
    step : string
    status : string
    comments : string
    bltimeStamp : string
}

complex type XSDataInputStoreDataCollection extends XSDataInput {
    dataCollection : XSDataISPyBDataCollection
}

complex type XSDataResultStoreDataCollection extends XSDataResult {
    dataCollectionId : XSDataInteger optional
}

complex type XSDataInputRetrieveDataCollection extends XSDataInput {
    image : XSDataImage
}

complex type XSDataResultRetrieveDataCollection extends XSDataResult {
    dataCollection : XSDataISPyBDataCollection
}

complex type XSDataISPyBDataCollection {
    actualCenteringPosition : string
    averageTemperature : float
    axisEnd : float
    axisRange : float
    axisStart : float
    beamShape : string
    beamSizeAtSampleX : float
    beamSizeAtSampleY : float
    centeringMethod : string
    comments : string
    dataCollectionId : integer
    dataCollectionNumber : integer
    detector2theta : float
    detectorDistance : float
    detectorMode : string
    endTime : string
    exposureTime : float
    fileTemplate : string
    flux : float
    imageDirectory : string
    imagePrefix : string
    imageSuffix : string
    kappaStart : float
    numberOfImages : integer
    numberOfPasses : integer
    omegaStart : float
    overlap : float
    phiStart : float
    printableForReport : boolean
    resolution : float
    resolutionAtCorner : float
    rotationAxis : string
    runStatus : string
    slitGapVertical : float
    slitGapHorizontal : float
    startImageNumber : integer
    strategySubWedgeOrigId : integer optional
    startTime : string
    synchrotronMode : string
    transmission : float
    undulatorGap1 : float
    undulatorGap2 : float
    undulatorGap3 : float
    wavelength : float
    xbeam : float
    xtalSnapshotFullPath1 : string
    xtalSnapshotFullPath2 : string
    xtalSnapshotFullPath3 : string
    xtalSnapshotFullPath4 : string
    ybeam : float
}


complex type XSDataISPyBDiffractionPlan extends XSData {
    aimedCompleteness : XSDataDouble optional
    aimedIOverSigmaAtHighestResolution : XSDataDouble optional
    aimedMultiplicity : XSDataDouble optional
    aimedResolution : XSDataDouble optional
    anomalousData : XSDataBoolean optional
    comments : XSDataString optional
    complexity : XSDataString optional
    diffractionPlanId : XSDataInteger optional
    estimateRadiationDamage : XSDataBoolean optional
    experimentKind : XSDataString optional
    exposureTime : XSDataDouble optional
    forcedSpaceGroup : XSDataString optional
    kappaStrategyOption : XSDataString optional
    maxDimAccrossSpindleAxis : XSDataDouble optional
    maximalResolution : XSDataDouble optional
    minDimAccrossSpindleAxis : XSDataDouble optional
    minimalResolution : XSDataDouble optional
    numberOfPositions : XSDataInteger optional
    observedResolution : XSDataDouble optional
    oscillationRange : XSDataDouble optional
    preferredBeamSizeX : XSDataDouble optional
    preferredBeamSizeY : XSDataDouble optional
    radiationSensitivity : XSDataDouble optional
    radiationSensitivityBeta : XSDataDouble optional
    radiationSensitivityGamma : XSDataDouble optional
    requiredCompleteness : XSDataDouble optional
    requiredMultiplicity : XSDataDouble optional
    requiredResolution : XSDataDouble optional
    screeningResolution : XSDataDouble optional
    anomalousScatterer : XSDataString optional
    strategyOption : XSDataString optional
    xmlDocumentId : XSDataInteger optional
}

complex type XSDataISPyBScreening extends XSData {
    screeningId : XSDataInteger optional
    dataCollectionId : XSDataInteger
    diffractionplanId : XSDataInteger
    timeStamp : XSDataString
    programVersion : XSDataString optional
    comments : XSDataString optional
    shortComments : XSDataString optional
    xmlSampleInformation : XSDataString optional
}

complex type XSDataISPyBScreeningFile extends XSData {
    screeningFileId : XSDataInteger optional
    screeningId : XSDataInteger optional
    fileType : XSDataString optional
    fileName : XSDataString
    filePath : XSDataString
    description : XSDataString optional
    timeStamp : XSDataString
}

complex type XSDataISPyBScreeningRank extends XSData {
    screeningRankId : XSDataInteger optional
    screeningRankSetId : XSDataInteger
    screeningId : XSDataInteger optional
    rankValue : XSDataDouble
    rankInformation : XSDataString
}

complex type XSDataISPyBScreeningRankSet extends XSData {
    screeningRankSetId : XSDataInteger
    rankEngine : XSDataString
    rankingProjectFileName : XSDataString
    rankingSummaryFileName : XSDataString
}


complex type XSDataISPyBScreeningOutput extends XSData {
    screeningOutputId : XSDataInteger optional
    screeningId : XSDataInteger
    statusDescription : XSDataString optional
    rejectedReflections : XSDataInteger optional
    resolutionObtained : XSDataDouble optional
    spotDeviationR : XSDataLength optional
    spotDeviationTheta : XSDataAngle optional
    beamShiftX : XSDataLength optional
    beamShiftY : XSDataLength optional
    numSpotsFound : XSDataInteger optional
    numSpotsUsed : XSDataInteger optional
    numSpotsRejected : XSDataInteger optional
    mosaicity : XSDataDouble optional
    iOverSigma : XSDataDouble optional
    diffractionRings : XSDataBoolean optional
    indexingSuccess : XSDataBoolean
    strategySuccess : XSDataBoolean
    mosaicityEstimated : XSDataBoolean optional
    rankingResolution : XSDataDouble optional
    program : XSDataString optional
    doseTotal : XSDataDouble optional
    totalExposureTime : XSDataDouble optional
    totalRotationRange : XSDataDouble optional
    totalNumberOfImages : XSDataInteger optional
    rFriedel : XSDataDouble optional
}

complex type XSDataISPyBScreeningOutputLattice extends XSData {
    screeningOutputLatticeId : XSDataInteger optional
    screeningOutputId : XSDataInteger
    spaceGroup : XSDataString optional
    pointGroup : XSDataString optional
    bravaisLattice : XSDataString optional
    rawOrientationMatrix_a_x : XSDataDouble optional
    rawOrientationMatrix_a_y : XSDataDouble optional
    rawOrientationMatrix_a_z : XSDataDouble optional
    rawOrientationMatrix_b_x : XSDataDouble optional
    rawOrientationMatrix_b_y : XSDataDouble optional
    rawOrientationMatrix_b_z : XSDataDouble optional
    rawOrientationMatrix_c_x : XSDataDouble optional
    rawOrientationMatrix_c_y : XSDataDouble optional
    rawOrientationMatrix_c_z : XSDataDouble optional
    unitCell_a : XSDataLength
    unitCell_alpha : XSDataAngle
    unitCell_b : XSDataLength
    unitCell_beta : XSDataAngle
    unitCell_c : XSDataLength
    unitCell_gamma : XSDataAngle
    timeStamp : XSDataLength
    labelitIndexing : XSDataBoolean optional
}

complex type XSDataISPyBScreeningStrategy extends XSData {
    screeningStrategyId : XSDataInteger optional
    screeningOutputId : XSDataInteger
    phiStart : XSDataDouble optional
    phiEnd : XSDataDouble optional
    rotation : XSDataDouble optional
    exposureTime : XSDataDouble optional
    resolution : XSDataDouble optional
    completeness : XSDataDouble optional
    multiplicity : XSDataDouble optional
    anomalous : XSDataBoolean optional
    program : XSDataString optional
    rankingResolution : XSDataDouble optional
    transmission : XSDataDouble optional
}


complex type XSDataISPyBScreeningStrategyWedge extends XSData {
    screeningStrategyWedgeId : XSDataInteger optional
    screeningStrategyId : XSDataInteger
    screeningStrategyOutputId : XSDataInteger
    wedgeNumber : XSDataInteger
    resolution : XSDataDouble
    completeness : XSDataDouble
    multiplicity : XSDataDouble
    doseTotal : XSDataDouble optional
    numberOfImages : XSDataInteger
    phi : XSDataDouble optional
    kappa : XSDataDouble optional
    comments : XSDataString optional
    wavelength : XSDataDouble optional
}


complex type XSDataISPyBScreeningStrategySubWedge extends XSData {
    screeningStrategySubWedgeId : XSDataInteger optional
    screeningStrategyWedgeId : XSDataInteger
    subWedgeNumber : XSDataInteger
    rotationAxis : XSDataString optional
    axisStart : XSDataAngle
    axisEnd : XSDataAngle
    exposureTime : XSDataTime
    transmission : XSDataDouble optional
    oscillationRange : XSDataAngle
    completeness : XSDataDouble optional
    multiplicity : XSDataDouble optional
    doseTotal : XSDataDouble optional
    numberOfImages : XSDataInteger
    comments : XSDataString optional
}


complex type XSDataISPyBImage extends XSData {
    fileLocation : XSDataString
    fileName : XSDataString
    comments : XSDataString optional
    cumulativeIntensity : XSDataDouble optional
    imageId : XSDataInteger optional
    imageNumber : XSDataInteger optional
    jpegFileFullPath : XSDataString optional
    jpegThumbnailFileFullPath : XSDataString optional
    machineMessage : XSDataString optional
    measuredIntensity : XSDataDouble optional
    synchrotronCurrent : XSDataDouble optional
    temperature : XSDataDouble optional
}


complex type XSDataISPyBScreeningOutputContainer extends XSData {
    screeningOutput : XSDataISPyBScreeningOutput
    screeningOutputLattice : XSDataISPyBScreeningOutputLattice [] optional
    screeningStrategyContainer : XSDataISPyBScreeningStrategyContainer [] optional
}


complex type XSDataISPyBScreeningStrategyContainer extends XSData {
    screeningStrategy : XSDataISPyBScreeningStrategy
    screeningStrategyWedgeContainer : XSDataISPyBScreeningStrategyWedgeContainer [] optional
}


complex type XSDataISPyBScreeningStrategyWedgeContainer extends XSData {
    screeningStrategySubWedge : XSDataISPyBScreeningStrategySubWedge [] optional
    screeningStrategyWedge : XSDataISPyBScreeningStrategyWedge
}

complex type XSDataInputISPyBStoreScreening extends XSDataInput {
    diffractionPlan : XSDataISPyBDiffractionPlan optional
    file : XSDataISPyBScreeningFile [] optional
    image : XSDataISPyBImage optional
    screening : XSDataISPyBScreening optional
    screeningOutputContainer : XSDataISPyBScreeningOutputContainer [] optional
    screeningRank : XSDataISPyBScreeningRank [] optional
    screeningRankSet : XSDataISPyBScreeningRankSet optional
}


complex type XSDataResultISPyBStoreScreening extends XSDataResult {
    screeningId : XSDataInteger optional
    dataCollectionId : XSDataInteger optional
}

complex type XSDataISPyBWorkflow extends XSData {
    comments: XSDataString optional
    logFilePath: XSDataString optional
    recordTimeStamp: XSDataString optional
    resultFilePath: XSDataString optional
    status: XSDataString 
    workflowId: XSDataInteger optional
    workflowTitle: XSDataString optional
    workflowType: XSDataString optional
}

complex type XSDataInputISPyBStoreWorkflow extends XSDataInput {
    workflow: XSDataISPyBWorkflow
}

complex type XSDataResultISPyBStoreWorkflow extends XSDataResult {
    workflowId: XSDataInteger
}

complex type XSDataInputISPyBUpdateDataCollectionGroupWorkflowId extends XSDataInput {
    fileLocation: XSDataString
    fileName: XSDataString
    workflowId: XSDataInteger
}

complex type XSDataResultISPyBUpdateDataCollectionGroupWorkflowId extends XSDataResult {
    dataCollectionGroupId: XSDataInteger
}

complex type XSDataInputISPyBGroupDataCollections extends XSDataInput {
    dataCollectionGroupId: XSDataInteger
    filePath: XSDataString []
}

complex type XSDataResultISPyBGroupDataCollections extends XSDataResult {
    dataCollectionId: XSDataInteger [] optional
}

complex type XSDataInputISPyBUpdateWorkflowStatus extends XSDataInput {
    workflowId: XSDataInteger
    newStatus: XSDataString
}

complex type XSDataResultISPyBUpdateWorkflowStatus extends XSDataResult {
    workflowId: XSDataInteger
}

complex type XSDataISPyBSamplePosition extends XSData {
    gridIndexY : XSDataInteger optional
    gridIndexZ : XSDataInteger optional
    kappa : XSDataDouble
    omega : XSDataDouble
    phi : XSDataDouble
    phiX : XSDataDouble
    phiY : XSDataDouble
    phiZ : XSDataDouble
    sampX : XSDataDouble
    sampY : XSDataDouble
}


complex type XSDataISPyBImagePosition extends XSData {
    fileName : XSDataFile
    position : XSDataISPyBSamplePosition
    jpegFileFullPath : XSDataFile
    jpegThumbnailFileFullPath : XSDataFile
}


complex type XSDataInputISPyBSetImagesPositions extends XSDataInput {
    imagePosition : XSDataISPyBImagePosition []
}


complex type XSDataISPyBImageCreation extends XSData {
    fileLocation : XSDataString
    fileName : XSDataString
    imageId : XSDataInteger
    isCreated : XSDataBoolean
}

complex type XSDataResultISPyBSetImagesPositions extends XSDataResult {
    imageCreation : XSDataISPyBImageCreation [] optional
}

complex type XSDataInputISPyBStoreMotorPosition extends XSDataInput {
    motorPosition : XSDataISPyBSamplePosition
}

complex type XSDataResultISPyBStoreMotorPosition extends XSDataResult {
    motorPositionId : XSDataInteger
}

complex type XSDataInputISPyBSetDataCollectionPosition extends XSDataInput {
    fileName : XSDataFile
    startPosition : XSDataISPyBSamplePosition
    endPosition : XSDataISPyBSamplePosition
}

complex type XSDataResultISPyBSetDataCollectionPosition extends XSDataResult {
    dataCollectionId : XSDataInteger
}

complex type XSDataInputISPyBDataCollectionPosition extends XSData {
    fileName : XSDataFile
    startPosition : XSDataISPyBSamplePosition
    endPosition : XSDataISPyBSamplePosition
}

complex type XSDataInputISPyBSetDataCollectionsPositions extends XSDataInput {
    dataCollectionPosition : XSDataInputISPyBDataCollectionPosition []
}

complex type XSDataResultISPyBSetDataCollectionsPositions extends XSDataResult {
    dataCollectionId : XSDataInteger [] optional
}

complex type XSDataInputISPyBStoreGridInfo extends XSDataInput {
    gridInfoId : XSDataInteger optional
    workflowMeshId : XSDataInteger
    dx_mm : XSDataDouble
    dy_mm : XSDataDouble
    xOffset : XSDataDouble
    yOffset : XSDataDouble
    steps_x : XSDataInteger
    steps_y : XSDataInteger
    meshAngle : XSDataDouble
}

complex type XSDataResultISPyBStoreGridInfo extends XSDataResult {
    gridInfoId : XSDataInteger optional
}

    
complex type XSDataInputISPyBStoreWorkflowMesh extends XSDataInput {
    workflowId: XSDataInteger
    bestPositionId: XSDataInteger
    bestImageId: XSDataInteger
    value1: XSDataDouble
    value2: XSDataDouble
    value3: XSDataDouble
    value4: XSDataDouble
    cartographyPath: XSDataString
}

complex type XSDataResultISPyBStoreWorkflowMesh extends XSDataResult {
    workflowMeshId : XSDataInteger
}

complex type XSDataInputISPyBSetBestWilsonPlotPath extends XSDataInput {
    dataCollectionId: XSDataInteger
    bestWilsonPlotPath: XSDataString
}

complex type XSDataResultISPyBSetBestWilsonPlotPath extends XSDataResult {
    dataCollectionId : XSDataInteger
}


complex type XSDataInputGetSampleInformation extends XSDataInput {
    sampleId: XSDataInteger
}

complex type XSDataResultGetSampleInformation extends XSDataResult {
    cellA: XSDataDouble
    cellB: XSDataDouble
    cellC: XSDataDouble
    cellAlpha: XSDataDouble
    cellBeta: XSDataDouble
    cellGamma: XSDataDouble
    code: XSDataString
    containerSampleChangerLocation: XSDataString
    crystalSpaceGroup: XSDataString
    diffractionPlan: XSDataISPyBDiffractionPlan
    experimentType: XSDataString
    holderLength: XSDataDouble
    minimalResolution: XSDataDouble
    proteinAcronym: XSDataString
    sampleId: XSDataInteger
    sampleLocation: XSDataString
    sampleName: XSDataString
}